كانت مساحة المسجد الأصلية 25 × 15 م، وكانت جدرانه من اللبن، وسقفه محمول على جذوع النخل. ولم يكن له محراب مجوف أو منبر أو مئذنة. وقد
إشتملت هذه المساحة على بابين بكل ضلع بمواجهة القبلة. وكانت أرضيته مفروشة بالحصباء ولم يكن له صحن يتوسطه.
وقد تعرض المسجد لتغييرات متتالية غيرت من وضعه الأصلي بدءاً من عصر الولاة أو العصر الإسلامى المبكر حتى العصر المملوكي.
وقد قدم لنا الرحالة الأوروبي بوكوك وصفاً عن المسجد في سنة 1737 م، قال أنه يتكون من مساحة مستطيلة تتكون من صحن مكشوف تحيط به أربعة
أروقة، رواق القبلة يتكون من سبعة بوائك والرواق المقابل له من سبعة كذلك. بينما يتكون الرواقين الجانبيين من ستة بوائك لكل منهما.
ثم تجدد الجامع في عهد مراد بك سنة 1798 م، كما وصفه الآثري باسكال كوست سنة 1818 م بأنه كان يتكون من صحن يحيط به أربعة أروقة. يتكون
رواق القبلة من ست بوائك والرواق المقابل له من بائكة واحدة بينما يتكون أحد الرواقين الجانبيين من بائكتين والآخر من ثلاث بوائك.
وقام أحد الآثريين برسمه سنة 1843 م ويظهر من الرسم أنه كان متخرباً تماماً. أما في سنة 1845 م فقد قام محمد على بتجديد الجامع كله ليصبح ستة
بوائك في رواق القبلة وستة بوائك في الجدار المقابل له وستة في كل من الجانبين. أما اليوم، فقد إختلف تصميم الجامع تماماً.